在1943年11月的塔拉瓦战役(Battle of Tarawa)中，3000多名海军陆战队员被杀，很明显，美国军方需要更好的入侵前情报。海军战斗爆破队和水下爆破队(udt)是今天海豹突击队的前身。然而，第二次世界大战后，这些特种作战部队基本上解散了。但从1950年开始，随着朝鲜战争的爆发，海军再次要求UDT“蛙人”，并迅速扩大了他们的行动。

　　1962年，随着越南冲突愈演愈烈，约翰·f·肯尼迪(John F. Kennedy)总统从现有的海豹突击队(udt)中组建了头两支海豹突击队。海豹突击队的首字母缩写来自海、空、陆三种环境，这是海军特种作战部队接受训练的三种环境。在越南冲突最激烈的时候，八个海豹突击队排以轮换和连续的方式部署在那里，从1965年到1972年，近50名海豹突击队队员在越南阵亡。

　　1980年末，在“鹰爪行动”(Operation Eagle Claw)失败后，美国海军要求指挥官理查德·马尔钦科(Richard Marcinko)组建一支海豹突击队，对恐怖主义危机做出迅速而猛烈的反应。鹰爪行动是营救在美国驻德黑兰大使馆被扣押的53名美国人质的行动。马尔钦科是一名经验丰富的老兵，他于1958年加入海军。他曾两次前往越南，在那里指挥一支令人畏惧的海豹突击队排，并获得了银星勋章、四枚带有战斗“V”字(代表英雄主义)的铜星勋章、两枚海军嘉奖奖章和越南银星英勇十字勋章。据报道，他被要求在六个月内启动新的反恐行动，否则整个项目将被取消。

　　虽然当时只有两支海豹突击队，但马尔钦科称新成立的海豹突击队为第六队，据说是因为他希望苏联分析人士高估美国军队的规模。以海军的蓝色和金色命名的两个突击小组构成了该小组的核心。以海盗旗为标志的蓝色中队很快赢得了鲁莽的名声，而黄金中队则更多地被认为是骑士或十字军。几年后，马尔钦科离开了(1984年，他组建了另一支反恐部队“红色细胞”，但在1990年被判犯有军事合同欺诈罪，并服刑15个月)。据报道，在20世纪90年代初，海军介入，对第六分队的领导和行动进行了改革，把它变成了今天这样一支专业、有效但仍在推动边界的力量。

　　按照官方说法，海豹六队根本不存在。正如迪克·库奇(Dick Couch)和威廉·多伊尔(William Doyle)在2014年出版的《海豹突击队:他们不为人知的故事》(Navy SEALS: their Untold Story)一书中所写的那样，美国国防部几乎从未公开承认海军特种作战发展小组(Navy Special Warfare Development Group，简称DevGru)的存在，DevGru是第六分队的封面名称。它的官方任务是为海豹突击队开发新的装备和战术，海豹突击队还包括九个非机密小组。然而，海豹突击队第六分队非正式地执行着一些军方最危险的任务，这些任务被认为对常规部队来说太危险了。

　　自2001年9月11日的恐怖袭击以来，从阿富汗的偏远山区到巴格达等饱受战争蹂躏的城市，第六分队和海豹突击队的其他成员发现自己扮演着比以往任何时候都更加积极的角色。海豹突击队，包括第六分队，执行大规模常规部队不可能完成的秘密、高强度行动。他们还执行地面侦察和情报收集工作，以防那些更大的部队发动有计划的袭击。尽管传统上海豹突击队主要(至少部分)执行水基任务，但他们同样可能在陆地和空中执行任务。

　　近年来的三次成功行动将海豹突击队，尤其是第六分队，从阴影中拉了出来，直接进入了全球的聚光灯下。2009年4月，索马里海盗劫持了商船“马士基阿拉巴马”号的船长理查德·菲利普斯，并把他扣为人质，关在一艘封闭的小救生艇里。当赎金谈判陷入僵局时，美国驱逐舰班布里奇号(USS Bainbridge)正拖着这艘船驶向印度洋上较为平静的水域，军舰上的三名海豹突击队第六分队狙击手开枪打死了劫持菲利普斯的三名海盗。救援的细节登上了国际新闻，并成为汤姆·汉克斯(Tom Hanks)主演的好莱坞大片《菲利普斯船长》(Captain Phillips)的基础。2012年1月，美国救援人员杰西卡·布坎南(Jessica Buchanan)和她的丹麦同事保罗·斯蒂斯特(paul Thisted)跳伞进入索马里营救两名人质。

　　迄今为止，最引人注目的第六分队行动——也是历史上最著名的特种行动——是“海王星之矛”行动，该行动于2011年5月在巴基斯坦阿伯塔巴德击毙了基地组织头目奥萨马·本·拉登。在中央情报局(CIA)的指挥下，为期10年的搜捕行动达到了高潮，23或24名海豹突击队员(根据不同的说法)在普什图语翻译和战斗犬的陪同下对本·拉登的住所进行了突袭。整个过程不到40分钟。

　　自从9/11以来，海豹六队的作用和重要性大大增加，危险也随之增加。正如《纽约时报》在2015年所报道的那样:“过去14年里，该部队死亡的人数比以往任何时候都多。反复的袭击、跳伞、崎岖的攀登和炸药爆炸使许多人身心俱疲。”

　　今天，海豹突击队第六分队的绝密总部位于位于弗吉尼亚海滩南部的奥西阿纳海军航空站的坝颈附属基地。常规海豹突击队的精英队员被选中加入第六队，参加一个被称为“绿队”的竞争程序。另外两个突击大队，红色中队和银色中队，加入了蓝色中队和金色中队，总共有大约300名作战人员。被称为“维京人”的“灰色中队”的成员受过专门训练，可以驾驶第六队使用的快艇和其他车辆，而“黑色中队”最初是第六队的狙击部队，自9/11袭击以来，一直在收集情报方面处于领先地位。女性——她们被排除在六队的其他成员之外——可以在黑色中队服役，据估计，该中队在世界各地驻扎着大约100名成员。